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2003年SARS疫情發生時，中央尚未建立跨部會整合機制，疫情過後，中央政府透過「法規檢討」、「組織調整」及「落實實務運作」強化政府與民間之合作關係，達成防疫成效最大化。

一、立法授權成立中央流行疫情指揮中心

(一) 於傳染病防治法增訂，當疫情發生需統籌國內各項資源並整合人力時，衛生福利部可報請行政院同意成立中央流行疫情指揮中心。
(二) 指揮中心指揮官統一指揮、督導及協調各級政府機關、公營事業及民間組織執行防疫工作。

二、設施建置

2005年1月18日設置「國家衛生指揮中心」，架構完整的防疫系統。

三、政策形成

透過「加強全國傳染病防治計畫」、「後SARS重建防疫體系計畫」及「建構生物防護及SARS等新興傳染病防治網計畫」等，重新檢討國內防疫體系缺失，逐步修訂防疫策略。