一、因應疫情變化，調升開設層級

（一）2020年1月20日報請行政院核准成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」並以三級開設。
（二）2020年1月23日由行政院蘇院長貞昌宣布提升為二級開設。
（三）2020年2月27日由行政院蘇院長貞昌宣布提升至最高等級一級開設。

二、一級開設之組織架構

（一）以「情報、作戰、後勤」3大範疇，下設10個執行分組進行各項防疫作為。
（二）成立專家諮詢小組，邀集專家學者研議醫療及防疫專業技術面建議。

嚴重特殊傳染性肺炎中央疫情流行中心一級開設架構圖

• 第一層：指揮官衛生福利部王次長必勝
• 第二層：副指揮官經濟復陳次長正祺、交通部陳次長彥伯
• 另設有嚴重特殊傳染性肺炎專家諮詢會議
• 第三層：
• 情報：疫情監測組
• 作戰：邊境檢疫組、社區防疫組、醫療應變組
• 後勤：物資組、行政組、研發組、新聞宣導組、資訊組、法制組